Pemerintah Orde Baru di bawah Soeharto dianggap melakukan manipulasi sejarah dengan menuding Soekarno terlibat dalam PKI dengan mengeluarkan TAP MPRS Nomor XXXIII/MPRS/1967. Adapun isi TAP MPRS Nomor XXXIII/MPRS/1967 pencabutan kekuasaan presiden dari Soekarno. Peraturan itu menyinggung keterlibatan Soekarno dalam peristiwa G30SPKI. Bagian pertimbangan Tap MPRS itu menyebut Sukarno membuat keputusan yang menguntungkan gerakan G30S.
“Ketika Pak Harto menggantikan, keluarlah sebuah TAP MPR, yang katanya sumbernya dari Supersemar yang mengatakan bahwa Bung Karno diturunkan karena melakukan, ada indikasi itu istilahnya bekerja sama sama sebuah partai, PKI yang terlarang,” kata Ketua Umum PDIP Megawati Soekarnoputri saat peresmian Patung Bung Karno di Omah Petroek, Sleman, DIY, Selasa (24/8/2023).
Megawati mengatakan, secara logika saat Bung Karno diputuskan presiden seumur hidup tidak perlu kerja sama dengan pihak manapun termasuk PKI.
“Coba pikir tenang-tenang, mikir. Saya itu sampai mikir gini, sampai saya bilang, kok bapak saya nggak iso mikir ya. Kalau benar, loh ngapain dianya musti, Bung Karno bekerja sama sama sesuatu yang katanya terlarang, karena itu ada perintah dari Supersemar. Padahal beliau ini sudah seumur hidup lho. Artinya, Lha ngapain lho, dia sudah enak-enak presiden seumur hidup lho,” imbuh Megawati.
Seperti diketahui, meski Supersemar memiliki beberapa versi, terdapat beberapa pokok pikiran yang diakui Orde Baru dan kemudian dijadikan acuan.
Supersemar berisi perintah, salah satunya mengambil segala tindakan yang dianggap perlu untuk terjaminnya keamanan dan ketenangan serta kestabilan jalannya pemerintahan dan jalannya revolusi.
Menurutnya, Bung Karno diturunkan secara tak baik oleh rezim yang tak menghendakinya sebagai Presiden. Supersemar disebut membuat ayahnya tak lagi leluasa memegang kendali kekuasaan kala itu.
Meski begitu, Megawati mengatakan bahwa peristiwa itu harus dijadikan pelajaran dan tak boleh terulang kembali di kemudian hari
“Saat saya [kuliah] di Universitas Padjajaran di Bandung lalu, tahun 65 akibat ayah saya diturunkan dengan cara yang menurut saya, tidak baik. Tidak ada kata lain, tidak baik. Jadikan ini sebuah pembelajaran,” kata dia.