Selama Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP) berkuasa terjadi mobilisasi militer ke Papua hingga ke Warung Tegal (warteg).
“Selama PDIP berkuasa Mobilisasi Militer sangat tinggi hingga ke Warteg,” kata Enggal Pamukti di akun Twitter-nya @EnggalPMT.
Pria yang pernah menggugat Presiden Jokowi menyarankan Papua lepas dari Indonesia karena kebijakan pemerintah pusat yang tidak mempunyai kemanusiaan. “Papua mending merdeka aja, gabung sama indon kagak ada faedah,” jelasnya.
Saat Megawati berkuasa, April 2003, militer Indonesia menambah jumlah personel di Aceh. Pada dini hari 18 Mei 2003, Megawati, yang menjabat presiden pada 2001 menggantikan Gus Dur, memberlakukan Daerah Operasi Militer untuk enam bulan ke depan.
Sebanyak 30.000 tentara dan 12.000 polisi dikirim untuk melawan sekitar 5.000 tentara GAM. Inilah operasi militer terbesar oleh pemerintah Indonesia sesudah reformasi. Hingga kini, sepanjang era reformasi, belum ada operasi militer yang lebih besar dari itu.
KontraS dan Elsam mencatat soal pembunuhan terhadap pemimpin Papua Theys Eluay oleh Kopassus pada 11 November 2001, kurang dari empat bulan setelah Megawati berkuasa.
Kasus lain adalah peristiwa penembakan oleh “orang tak dikenal” terhadap Else Bonay Rumbiak dan Mariana Bonay, istri dan anak Johanis G. Bonay, Direktur Lembaga Studi dan Advokasi HAM Papua, pada Desember 2002.
Pada Juli 2004, Komisi Nasional Hak Asasi Manusia merilis laporan soal pembunuhan terhadap 9 orang dan 38 korban luka berat dan cacat di Wamena selama penyisiran oleh TNI/Polri pada 4 April 2003.