Moeldoko mempunyai rencana kontroversi ketika menjadi Panglima TNI di era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY). Ia mengusulkan SBY menjadi jenderal besar setara dengan Jenderal Besar TNI Sudirman serta Jenderal Besar TNI Soeharto dan Jenderal Besar TNI Abdul Haris Nasution.
“Kami dari TNI tidak salah kiranya kalau Jenderal Purnawirawan Susilo Bambang Yudhoyono mendapatkan anugerah sebagai Jenderal Besar Susilo Bambang Yudhoyono,” kata Jenderal TNI Moeldoko saat itu.
Pernyataan itu dilontarkan Jenderal TNI Moeldoko tak cuma di hadapan para jenderal TNI dan Polri saja. Tapi di hadapan SBY langsung yang hadir di tempat tersebut.
Letnan Jenderal TNI (Purnawirawan) Sudi Silalahi sebagai Menteri Sekretaris Negara Indonesia berusaha memberikan jawaban yang disebutnya dari SBY. Tapi, lagi-lagi bukan jawaban pasti apakah menolak atau menerima usulan Jenderal TNI Moeldoko.
“Presiden mengatakan bahwa itu, memang seharusnya sudah dilakukan seorang presiden. Dan itu adalah tugas dan kewajiban dari beliau. Jadi apa-apa yang dilakukan beliau itu dilakukan secara ikhlas, tanpa mengharapkan apapun, gelar ataupun penghargaan,” kata Letjen TNI Sudi.
Dan ternyata ucapan Jenderal TNI Moeldoko itu berbuah kontroversi. Tokoh-tokoh militer TNI bersuara. Malah yang paling lantang menolak ide gila itu justru dari tokoh TNI yang pernah menjadi orang kepercayaan SBY di periode pertama terpilih sebagai Presiden RI, yaitu dari Mayjen TNI (Purnawirawan) TB Hasanuddin.
Mayjen TNI (Purnawirawan) TB Hasanuddin yang pernah menjabat Sekretaris Militer Presiden SBY menyatakan, usulan Jenderal TNI Moeldoko itu tak sesuai aturan dan sebagai sesuatu yang aneh.
