Pihak kepolisian menuding ada organisasi besar yang berpihak kepada teroris dengan mempermasalahkan kematian Siyono.
“Ada golongan tertentu yang pro teroris. Dia (Siyono) teroris, pegang senjata, dan ada yang membela. Silakan Anda saja yang menilai,” ujar Kepala Divisi Humas Polri Brigjen Anton Charliyan di Mabes Polri, Jakarta, Selasa (5/4/2016).
Anton tidak menjelaskan organisasi yang berpihak kepada teroris. Namun, ia hanya menjelaskan pihak yang berpihak teroris ini ingin mengatakan bahwa Densus 88 itu memerangi agama tertentu.
kematian Siyono dipermasalahkan oleh Komnas HAM, Komisi Untuk Orang Hilang dan Tindak Kekerasan, dan Pimpinan Pusat Muhammadiyah.
Kontras dan Komnas HAM menganggap adanya pelanggaran HAM dan pelanggaran hukum oleh Densus 88 yang menyebabkan Siyono meninggal dunia.
PP Muhammadiyah kemudian melakukan otopsi terhadap tubuh Siyono. Pelaksanaan otopsi tersebut merupakan arahan dari bagian advokasi Komnas HAM.
