Universitas Cokroaminoto Yogyakarta (UCY) resmi di bawah Yayasan Perguruan Tinggi Islam (Yaperti).
Yaperti secara resmi mengelola Universitas Cokroaminto Yogyakarta didasarkan putusan Incracht Mahkamah Agung RI sesuai Surat Ketua Pengadilan Negeri Yogyakarta No. W13.U1/3610/HK.00VII/2020 tanggal 27 Juli 2020, atas Putusan Mahkamah Agung RI Nomor: 2121K/Pdt/2004 tanggal 9 Februari 2006 Jo.
Keputusan MA itu mengharuskan para mahasiswa dan dosen Universitas Cokroaminoto Yogyakarta melakukan resgistrasi kembali.
DPP Syarikat Islam hanya mengakui Yaperti sebagai pengelola Universitas Cokroaminoto Yogyakarta.
Hasil kajian tim riset dan keilmuwan Dewan Mahasiswa Universitas Cokroaminoto Yogyakarta yang menyimpulkan adanya kekeliruan dalam SK Mendikti No.593/KPT/I/2017 tanggal 23 Oktober 2017.
Selain itu, Universitas Cokroaminoto Yogyakarta telah memiliki Rektor Prof Dr H Usman Abu Bakar, Wakil Rektor 1 Dr Agus Pandoman SG, Mkn, Wakil Rektor 2 Syamsul Hadi SE, MM dan Wakil 3 Elvan Gomes SH, Kepala BAK Surat Nurwahyudi, Kepala BAU Badaruddin.
Dekan Fakultas Ekonomi Hery Prasetyo SE, M.Si, Dekan Fakultas Hukum Dr Supriyono SH, M.Hum, Dekan Fakultas Agama Islam Drs M Nasrudin, MAg, Dekan Fakultas Teknik Heri Prasetyo, ST, MT, Dekan FKIP Dr (Can) Drs Tri Wahyu Budiutomo, MPd, MT
